L’initiative Eau propre soulève quelques-uns des problèmes majeurs comme le risque de pollution de l’eau potable par des pesticides chimiques de synthèse et des antibiotiques ou encore les cycles ouverts à cause des énormes quantités de concentrés importés. Elle demande que les subventions à l’agriculture ne soient plus que versées aux modes de production qui ne mettent pas en danger la santé et l’environnement et qui ne polluent pas l’eau potable.